明末满清在东北崛起，西藏宗教领袖越过明帝国开始与清国来往。清军入关，以武力征服中国，版图囊括蒙古﹑新疆﹑西藏﹑朝鲜﹑安南，形成中国历史上除元代以外最大的帝国。清朝的国祚近三百年，形成今日中国疆域的基本格局，所以应是讨论西藏与中国关系的重点。

西藏从属于清朝的关系，一直是中国所认定并为国际间所认同的。近几年，由于流亡藏人进行的独立运动，才被拿出来重新审视。一种典型的说法是，西藏与清朝是两个互不相从的国家。清朝只是为了巩固对信仰藏传佛教的蒙古诸部的统治，才藉助西藏的精神领袖达赖与班禅。清朝皇帝固然给了达赖﹑班禅一大堆册封，但达赖也给了清朝皇帝一大堆封号，他们的地位是平等的。这从对西藏历史作出重大影响和贡献的五世达赖喇嘛访问北京可以看出来，清顺治帝亲自出城迎接，如果西藏为藩属，皇帝是不会给一个属地的首领这样高的待遇的。记载他们会见的壁画，两人也是“平起平坐”的。清朝曾派驻藏大臣帮助达赖喇嘛治藏，在所有章程中都明文规定，达赖喇嘛与驻藏大臣地位平等，而驻藏大臣代表清朝皇帝，所以达赖喇嘛的地位与清朝皇帝平等……﹙详见曹长青主编《中国大陆知识分子论西藏?　前言》﹚