倭仁的奏折提交后，慈禧太后也不表态，批转总理衙门答复。恭亲王等随即上奏，痛切批驳倭仁等空谈误国，二三十年来“议和议战，大率空言无补”。他提出，既然倭仁有卧薪尝胆之志，但这是“为其名乎？抑将求其实乎？”他借用左宗棠的话说，大清国办事太难，“创议者一人，任事者一人，旁观者一人”。又借用李鸿章的话说，一些崇尚空谈的干部，“无事则嗤外国之利器为奇技淫巧以为不必学，有事则惊外国之利器为变怪神奇以为不能学”。他认为，倭仁等如果“别无良策，仅以忠信为甲胄，礼义为干橹等词，谓可析冲樽俎，足以制敌之命，臣等实未敢信”，并且认为倭仁这一举动，对改革大有伤害，“不特学者从此裹足不前，尤恐中外实心任事不尚空言者亦将为之心灰而气沮”。

恭亲王的反驳是相当严厉的，但倭仁继续抗争，干脆认为同文馆请外籍教师本身就是“上亏国体，下失人心”，并认为国家振兴之际，百废待兴，“应办之事甚多”，何必因这一小事儿“群相解体”。

恭亲王随即开始转换策略，一边继续指控“倭仁倡议以来，京师各省士大夫聚党私议，约法阻拦，甚且以无稽谣言煽惑人心，臣衙门遂无复报考者”，另一边干脆来了招“请君入瓮”，抓住倭仁原奏中的大话：“天下之大不患无才’，如以天文、算学必须讲习，博采旁求，必有精其术者，何必夷人？”大呼道：我们花了三十多年的时间，都没找到这样的人才，“倭仁竟有其人，不胜欣幸”，建议请倭仁立即保举，另开一馆。